Thuế phát sinh khi có giao dịch liên kết - Doanh nghiệp cần hiểu đúng để tránh rủi ro thuế

Giao dịch liên kết là gì và vì sao bị “soi” kỹ?

Theo quy định của pháp luật thuế, giao dịch liên kết là các giao dịch phát sinh giữa các bên có quan hệ liên kết, tức là các bên có khả năng kiểm soát, chi phối hoặc ảnh hưởng đáng kể đến hoạt động của nhau. Một số trường hợp phổ biến gồm:

• Công ty mẹ - công ty con
• Các doanh nghiệp cùng tập đoàn
• Giao dịch vay vốn, cho vay, bảo lãnh nội bộ
• Phí dịch vụ quản lý, phí bản quyền, chuyển giao công nghệ

Lý do các giao dịch này bị kiểm soát chặt là vì giá giao dịch có thể không phản ánh đúng giá thị trường, dẫn đến việc làm giảm nghĩa vụ thuế phải nộp. Vì vậy, cơ quan thuế áp dụng nguyên tắc giao dịch độc lập để xem xét và điều chỉnh khi cần thiết.

Các loại thuế phát sinh khi có giao dịch liên kết

1. Thuế Thu nhập doanh nghiệp (Trọng tâm quản lý)

Thuế TNDN là loại thuế chịu ảnh hưởng lớn nhất khi doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP, cơ quan thuế có quyền:

• So sánh giá giao dịch liên kết với giá giao dịch độc lập
• Điều chỉnh doanh thu, chi phí không phù hợp với giá thị trường
• Xác định lại thu nhập chịu thuế TNDN

Trong thực tế kiểm tra thuế, các khoản chi phí thường bị xem xét kỹ bao gồm:

• Chi phí lãi vay từ bên liên kết 
• Chi phí dịch vụ nội bộ
• Phí bản quyền, phí quản lý

Nếu doanh nghiệp không chứng minh được tính hợp lý của các khoản này, chi phí có thể bị loại toàn bộ khi quyết toán thuế.

2. Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) liên quan

Về nguyên tắc, giao dịch liên kết không làm thay đổi nghĩa vụ chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, rủi ro phát sinh khi:

• Giá giao dịch bị cơ quan thuế điều chỉnh
• Chi phí bị loại khi xác định thuế TNDN

Khi đó, thuế GTGT đầu vào tương ứng có thể không được khấu trừ, ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí và dòng tiền của doanh nghiệp.

3. Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) trong một số trường hợp

Thuế TNCN có thể phát sinh nếu giao dịch liên kết liên quan đến:

• Cá nhân chuyển nhượng vốn góp, cổ phần trong doanh nghiệp liên kết
• Cá nhân cho doanh nghiệp vay vốn hoặc nhận thu nhập từ các giao dịch liên kết

Nghĩa vụ kê khai và hồ sơ thuế đối với giao dịch liên kết

1. Kê khai thông tin giao dịch liên kết

Doanh nghiệp có giao dịch liên kết bắt buộc phải kê khai phụ lục thông tin giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế TNDN hàng năm.

Lưu ý: Không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ vẫn bị xử phạt, kể cả khi doanh nghiệp không phát sinh thêm số thuế phải nộp.

2. Lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết

Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ:

• Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (Local File)
• Hồ sơ thông tin tập đoàn (Master File), nếu thuộc đối tượng
• Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR), trong trường hợp có yêu cầu

Hồ sơ này phải được lập sẵn và cung cấp trong vòng 30 ngày khi cơ quan thuế kiểm tra.

Các văn bản pháp luật mới nhất cần lưu ý

1. Nghị định 132/2020/NĐ-CP

Đây là văn bản pháp lý nền tảng về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, quy định rõ:

• Nguyên tắc giao dịch độc lập
• Phương pháp xác định giá giao dịch liên kết
• Trách nhiệm kê khai, lưu trữ hồ sơ
• Giới hạn chi phí lãi vay được trừ

2. Nghị định 20/2025/NĐ-CP (Cập nhật mới quan trọng)

Nghị định 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 132, trong đó đáng chú ý:

• Làm rõ hơn các trường hợp xác định quan hệ liên kết trong giao dịch tài chính
• Điều chỉnh mẫu biểu kê khai giao dịch liên kết
• Bổ sung quy định xử lý chi phí lãi vay không được trừ của các năm trước

Đây là nội dung kế toán và bộ phận tài chính cần cập nhật kịp thời trong năm 2025.

Rủi ro doanh nghiệp thường gặp khi có giao dịch liên kết

Nhiều doanh nghiệp gặp rủi ro không phải do cố tình vi phạm, mà do:

• Hiểu chưa đầy đủ về giao dịch liên kết
• Thiếu hồ sơ chứng minh giá giao dịch theo thị trường
• Hạch toán đúng kế toán nhưng chưa phù hợp về thuế

Hệ quả có thể là:

• Truy thu thuế TNDN nhiều năm
• Phạt chậm nộp
• Gia tăng tần suất thanh tra, kiểm tra thuế

Giao dịch liên kết là hoạt động bình thường trong doanh nghiệp, đặc biệt với các mô hình công ty mẹ - con hoặc tập đoàn. Tuy nhiên, nghĩa vụ thuế phát sinh từ các giao dịch này cần được kiểm soát chặt chẽ. Doanh nghiệp nên:

• Rà soát đầy đủ các giao dịch liên kết phát sinh
• Kê khai đúng và đủ theo quy định
• Chuẩn bị hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết một cách bài bản

Điều này giúp doanh nghiệp giảm rủi ro thuế, chủ động khi làm việc với cơ quan thuế và tránh những khoản truy thu không đáng có.

Nếu doanh nghiệp bạn có phát sinh giao dịch liên kết, việc rà soát và kê khai đúng quy định là điều rất cần thiết. Công ty Kế toán Đại Dương sẵn sàng đồng hành, hỗ trợ tư vấn và hạn chế rủi ro thuế cho doanh nghiệp.

Kế Toán Đại Dương sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp trong mọi vấn đề về thuế - kế toán.

Hotline: 0966 002 638

Email: [email protected]

Website: https://ketoanthuedaiduong.com/