Ngày 30/06/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhằm hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và các văn bản liên quan.
Thông tư có hiệu lực từ 01/07/2026, bổ sung nhiều quy định quan trọng giúp chuẩn hóa quy trình quản lý thuế, tăng cường ứng dụng hồ sơ điện tử và tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu.
Theo Thông tư 86/2026/TT-BTC, doanh nghiệp phải:
Kê khai đúng, đầy đủ và trung thực các thông tin.
Chịu trách nhiệm trước pháp luật về hồ sơ, chứng từ và dữ liệu điện tử đã cung cấp.
Đảm bảo hồ sơ lưu tại doanh nghiệp thống nhất với hồ sơ đã gửi cơ quan hải quan.
Việc chuẩn hóa hồ sơ sẽ giúp giảm rủi ro khi cơ quan hải quan kiểm tra hoặc thanh tra sau thông quan.
Thông tư khuyến khích doanh nghiệp thực hiện toàn bộ quy trình trên môi trường điện tử:
Khai thuế điện tử.
Nộp hồ sơ điện tử.
Nhận phản hồi trực tuyến.
Theo dõi kết quả xử lý trên hệ thống.
Đối với các chứng từ đã được chia sẻ từ Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc hệ thống dữ liệu kết nối, doanh nghiệp không phải nộp lại nhiều lần.
Doanh nghiệp cần thực hiện khai bổ sung khi phát sinh các trường hợp như:
Kết quả phân tích hoặc phân loại làm thay đổi mã HS.
Điều chỉnh căn cứ tính thuế.
Có quyết định giảm định mức.
Phát sinh phí bản quyền (royalty).
Điều chỉnh trị giá hải quan.
Việc khai bổ sung kịp thời giúp hạn chế tiền chậm nộp và các khoản xử phạt.
Một số trường hợp cần theo dõi sát thời hạn nộp thuế gồm:
Hàng hóa phải phân loại.
Hàng hóa chưa có giá chính thức.
Hàng hóa có phí bản quyền.
Hàng hóa bị ấn định thuế.
Nhiều trường hợp phải thực hiện khai bổ sung trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi phát sinh căn cứ xác định nghĩa vụ thuế.
Thông tư quy định cụ thể việc gia hạn nộp thuế trong các trường hợp:
Thiên tai.
Hỏa hoạn.
Dịch bệnh.
Sự kiện bất khả kháng.
Di dời cơ sở sản xuất.
Đồng thời hướng dẫn rõ hồ sơ, trình tự, thẩm quyền và thời hạn giải quyết.
Các trường hợp hoàn thuế được hướng dẫn cụ thể hơn như:
Hàng xuất khẩu phải tái nhập.
Hàng nhập khẩu phải tái xuất.
Máy móc, thiết bị tạm nhập tái xuất.
Nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.
Các trường hợp nộp thừa tiền thuế.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ để quá trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi.
Thông tư bổ sung nhiều phương án xử lý số tiền thuế nộp thừa:
Hoàn trả tiền thuế.
Bù trừ với các khoản thuế còn nợ.
Xử lý tiền chậm nộp hoặc tiền phạt nộp thừa theo quy định.
Thông tư làm rõ:
Các trường hợp phải tính tiền chậm nộp.
Các trường hợp không phải tính tiền chậm nộp.
Điều kiện được miễn tiền chậm nộp khi gặp thiên tai, dịch bệnh hoặc sự kiện bất khả kháng.
Thông tư 86/2026/TT-BTC ban hành nhiều biểu mẫu phục vụ:
Gia hạn nộp thuế.
Hoàn thuế.
Miễn tiền chậm nộp.
Xử lý tiền thuế nộp thừa.
Thông báo tiền thuế còn nợ.
Các quyết định của cơ quan hải quan.
Doanh nghiệp nên cập nhật biểu mẫu mới để tránh sử dụng mẫu cũ không còn hiệu lực.
Để tuân thủ đúng quy định mới, doanh nghiệp nên:
Chuẩn hóa quy trình khai báo và lưu trữ hồ sơ điện tử.
Theo dõi chặt chẽ nghĩa vụ thuế và thời hạn nộp.
Cập nhật biểu mẫu mới theo Thông tư 86/2026/TT-BTC.
Rà soát các khoản phí bản quyền, trị giá hải quan và hồ sơ hoàn thuế.
Chủ động kiểm tra nội bộ nhằm hạn chế sai sót.
Để tránh rủi ro trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, doanh nghiệp nên:
Rà soát quy trình khai thuế và lưu trữ hồ sơ điện tử.
Theo dõi thời hạn khai bổ sung và nộp thuế.
Kiểm tra các khoản phí bản quyền, điều chỉnh trị giá hải quan.
Cập nhật các biểu mẫu mới theo Thông tư 86/2026/TT-BTC.
Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ khi thực hiện hoàn thuế, gia hạn hoặc miễn tiền chậm nộp.
Thông tư 86/2026/TT-BTC không thay đổi mức thuế suất nhưng chuẩn hóa toàn diện quy trình quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Việc nắm vững các quy định mới sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý, tiết kiệm thời gian xử lý hồ sơ và nâng cao hiệu quả quản trị thuế.
