Nghị định 359/2025/NĐ-CP thay đổi và bổ sung Nghị định 181/2025/NĐ-CP: Thuế GTGT, Ưu Đãi Cho Nông Sản, Hoàn Thuế & Đối Tượng Áp Dụng

1. Ưu đãi thuế cho thương mại nông sản chưa chế biến

Định nghĩa sản phẩm nông sản ưu đãi thuế

Theo Nghị định 359/2025/NĐ-CP, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ sơ chế thông thường sẽ được ưu đãi thuế GTGT.

Cơ chế ưu đãi

• Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua và bán các sản phẩm này cho nhau trong khâu thương mại:
  ⇒ Không kê khai, không tính thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Nếu bán cho hộ cá thể hoặc tổ chức khác: Thuế GTGT áp dụng 5% theo quy định.
• Với hộ kinh doanh hoặc phương pháp tính trực tiếp: Thuế GTGT là 1% doanh thu.

Điều này tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại nông sản ở khâu trung gian thương mại lớn, giúp giảm thủ tục kê khai, thúc đẩy lưu thông hàng hóa, giảm chi phí cho doanh nghiệp và hợp tác xã.

2. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế liên quan đến "người bán"

Quy định cũ (qua Nghị định 181/NĐ-CP)

Trước đây, Nghị định 181 yêu cầu:

• Người bán phải đã kê khai và nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đầu vào trước khi người mua được hoàn thuế.
• Điều kiện này gây ràng buộc cho doanh nghiệp mua khi kê khai hoàn thuế nếu người bán chưa hoàn tất nghĩa vụ thuế.

Thay đổi trong Nghị định 359

• Bãi bỏ toàn bộ điều kiện liên quan đến người bán trong quy trình hoàn thuế.
• Có nghĩa là không còn yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT như một điều kiện để doanh nghiệp nhận hoàn thuế GTGT.
• Điều này giúp doanh nghiệp bỏ qua việc chờ đợi xác nhận kê khai, nộp thuế của người bán, giảm rủi ro bị từ chối hoàn thuế dựa trên tình trạng kê khai của người bán.

Chính sách này giúp giảm rủi ro hồ sơ hoàn thuế bị trả do vướng thủ tục của người bán, tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp.

Áp dụng cho hồ sơ trước 01/01/2026

Lưu ý đáng chú ý của Nghị định 359 là quy định rõ ràng đối với hồ sơ hoàn thuế đã nộp trước khi Nghị định có hiệu lực: Nếu doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh đã nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT trước ngày 01/01/2026, nhưng cơ quan thuế chưa quyết định hoàn thuế, thì doanh nghiệp không cần đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT.

Điều này giúp giảm rủi ro cho các doanh nghiệp đang trong quá trình hoàn thuế, đảm bảo quyền lợi thuế trong giai đoạn chuyển tiếp giữa hai nghị định.

3. Đối tượng áp dụng cho hồ sơ hoàn thuế

Đối tượng hoàn thuế thuế GTGT

• Là các cơ sở kinh doanh đáp ứng điều kiện hoàn thuế theo Luật Thuế GTGT và có hồ sơ hợp lệ nộp cho cơ quan thuế.
• Với thay đổi trong Nghị định 359, quy trình thuận lợi hơn, không phân biệt người bán đã kê khai hay chưa.

Điều kiện chung

Đối tượng nộp hồ sơ hoàn thuế vẫn cần:

• Hồ sơ đúng quy định;
• Hóa đơn, chứng từ hợp lệ;
• Có hoạt động kinh doanh, mua bán đúng luật.
  Mặc dù điều kiện về người bán bị bãi bỏ, các điều kiện còn lại vẫn cần thực hiện

Trên đây là những thay đổi nổi bật của Nghị định 359/2025/NĐ-CP giúp tối ưu hóa công tác kê khai, giảm chi phí thuế, và cải thiện môi trường kinh doanh tại Việt Nam trong năm 2026.